Die biologische Abluftbehandlung zählt zu den kompliziertesten Verfahren der Reinigungstechniken. Abgesehen von der Fähigkeit der Kohlenwasserstoffe  zur biologischen Abbaubarkeit sollten zum einen die Eingangsbedingungen in den Filtermodulen annähernd konstant sein und bleiben, und zum anderen dürfen keine schädlichen Spaltprodukte bei der Reinigung entstehen. Aufgrund der herrschenden Temperaturen und der Feuchtigkeit innerhalb der Filtermodule ist eine Keim- und Pilzbildung nie auszuschließen. Zwar haben Untersuchungen in der Vergangenheit gezeigt, dass in der näheren Umgebung von biologisch arbeitenden Anlagen keine erhöhte Pilz- und Sporenkonzentration aufgetreten ist, doch muss man einen erhöhten Wartungsaufwand einkalkulieren, um seine Mitarbeiter bei einem direkten Zugriff auf das Filtermodul zu schützen.

Die biologische Abluftbehandlung erfolgt zur Zeit nach zwei unterschiedlichen Verfahren. Zum einen handelt es sich um Mieten, die mit einer biologischen Substanz gefüllt sind. Die umzusetzenden Stoffe durchströmen die Mieten und werden biologisch umgesetzt. Diese Mieten haben einen hohen Platzbedarf und müssen regelmäßig kontrolliert werden. Eine Befeuchtung ist außerdem nötig, um das Wachstum der Organismen zu gewährleisten.

Bei dem anderen Verfahren wird eine inerte Festbettschüttung in einem Behälter installiert. Auf diese Festbettschüttung wird eine, auf den zu behandelnden Stoff voradaptierte, Biomasse gebracht. Diese Biomasse benetzt den Festkörper und wächst auf ihm aus. Die Abluft durchströmt nun das Festbett und wird von der Biomasse umgesetzt. Genauso wie bei dem erstgenannten Verfahren ist auch hier Feuchtigkeit notwendig, um die Organismen am Leben zu erhalten.